Objective

SICLOPPS is an intracellular method for the generation of cyclic peptide libraries of over a hundred million members. We have interfaced SICLOPPS libraries with a variety of cell-based assays for the identification of inhibitors of a variety of targets, including transcription factor (e.g. HIF-1). Here, we detail a newly developed ultra-high throughput screening platform that allows the generation of SICLOPPS cyclic peptide libraries in femtolitre-sized microfluidic droplets. This newly developed platform holds several advantages over existing methods, including the kilohertz speeds with which over 10^10 independent reaction vessels may be generated per millilitre of emulsion, the ability to run functional assays (as opposed to binding assays traditionally employed by other technologies), the ability to encode multiple non-natural amino acids into the library, the ability to interface this library with existing in vitro assays, as well as the potential to significantly reduce reagents used in high-throughput screening.